Agrupamento de informações e links sobre simulação por mecânica molecular de membranas e proteínas associadas.
Montagem e inserção:
- MemGen servidor para gerar geometrias e topologias;
- O servidor Charmm-GUI também funciona, com diversas composições membranares;
- Atualmente o melhor método para inserção de proteínas e solutos em membranas é o da pressão lateral, proposto por Javanainen em 2014;
Cuidados e dicas:
- PMFs de inserção devem usar uma coordenada de reação (CR) com geometria cilíndrica, para corrigir efeitos de ondulações da membrana. Mas, cuidado! Na minha recente experiência, o uso da geometria cilíndrica apresenta outros problemas como violações da posição da molécula inserida, mesmo respeitando a CR. Este comportamento deve ser investigado no futuro;
- Sempre conferir as janelas de US se houve algum flip-flop de lipídeo;
- Cuidado com o tamanho da caixa e a definição da CR. Podem acontecer mudanças de posição relativa, mesmo respeitanto a CR, por causa das condições periódicas (PBC);
Referências:
- Nosso artigo sobre localização de ubiquinona em membranas de POPC;
- Revisão sobre métodos de preparação de membranas e insersão de moléculas;
- Artigo sobre cálculo de PMF para inserção de pequenas moléculas;
- Revisão sobre desafios e problemas no cálculo de PMFs de inserção;
