Simulação de membranas e proteínas embebidas

Agrupamento de informações e links sobre simulação por mecânica molecular de membranas e proteínas associadas.

Montagem e inserção:

  • MemGen servidor para gerar geometrias e topologias;
  • Atualmente o melhor método para inserção de proteínas e solutos em membranas é o da pressão lateral, proposto por Javanainen em 2014;

Cuidados e dicas:

  • PMFs de inserção devem usar uma coordenada de reação (CR) com geometria cilíndrica, para corrigir efeitos de ondulações da membrana. Mas, cuidado! Na minha recente experiência, o uso da geometria cilíndrica apresenta outros problemas como violações da posição da molécula inserida, mesmo respeitando a CR. Este comportamento deve ser investigado no futuro;
  • Sempre conferir as janelas de US se houve algum flip-flop de lipídeo;
  • Cuidado com o tamanho da caixa e a definição da CR. Podem acontecer mudanças de posição relativa, mesmo respeitanto a CR, por causa das condições periódicas (PBC);

Referências:

 

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