QBQ5782: Simulação Computacional de Biomoléculas – 2017

 

Notas e slides de aula, links e exercícios para disciplina de pós-graduação QBQ5782 ministrada pelo Prof. Guilherme M. Arantes  (Bloco 9, sala 0915).

Horários: Terça-feira 14:00-18:00 e Quinta-feira 14:00-16:00
Período: 14 de março a 29 de junho de 2017; Data máxima para trancamento: 09 de abril de 2017.
Local: IQ-USP, sala 01 do Bloco 6.
Monitores (Bloco 7, sala 752): Ariane Nunes [anunesalves (at) usp.br] e Murilo Teixeira [murilo.teixeira (at) usp.br]

  • Informações introdutórias;
  • Nota final do curso será composta (50%) pela média dos exercícios e (50%) por um trabalho/relatório;
  • Trabalho final será um projeto de cálculo ou simulação computacional com um sistema e metodologia de sua escolha. Tarefas e datas de entrega:
    • Escolha do sistema e proposta inicial de simulação (conversa com o professor): até 11/maio;
    • Apresentação parcial com esboço do programa de simulação (por escrito): até 1/junho;
    • Relatório final com o código do programa, seu output e análise/discussão detalhada (por escrito): até 9/julho;
  • Itens abaixo marcados com asterisco (*) representam leituras avançadas que podem ser puladas sem perda de continuidade do curso;
  • Guia Foca Linux;
  • Python (Cap.1 do livro texto):
    • Slides pythonBasics (por M.J. Field) com lista de exercícios 1 (entrega em 28/março);
    • Tutorials Point: Guia com comandos e sintaxe básica de Python, em linguagem bastante acessível;
    • (*) Learning to program: Livro-texto acessível para o iniciante. Vai até conceitos um pouco avançados como Orientação por Objetos (OOP);
    • (*) Dive into Python: Livro prático, sempre comentando exemplos. Mostra técnicas e sintaxe complexas desde o começo;
    • (*) iPython e Jupyter: Console interativo e caderno de laboratório em Python.
  • Livro textoA Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Martin J. Field, 2a. edição, 2007 [Amazon UK, Amazon US, CUP]. Este livro é nosso principal material didático e referência do curso. Consulte-o sempre em primeiro lugar. Outros textos mencionados aqui são complementares ao livro;
  • Biblioteca pDynamo. Principal conjunto de programas usado ao longo do curso;
  • Conceitos fundamentais em física e físico-química:
  • Modelos e representações (Cap. 2):
  • Conectividade e operações com coordenadas (Cap. 3):
    • Lista de exercícios 2 (entrega em 4/abril): exercícios 2.1 e 3.1 do livro texto (Field);
    • Programas para visualização (formatos PDB, XYZ, etc.): PyMol, VMD, Molden;
    • (*) Checagem e reparo de estruturas proteicas: WhatIF server e Modeller;
  • Química quântica (Cap. 4):
    • Seção 1.4 da minha tese de doutorado contém um resumo sobre conjuntos base e cálculo de estrutura eletrônica ab initio e semiempírico;
    • (*) Revisão sobre bases gaussianas e integrais eletrônicas (por. P.R. Taylor e T. Helgaker);
    • Breve revisão dos conceitos e dicas de utilização: Slides de aula;
    • Lista de exercícios 3 (entrega em 13/abril): exercícios 4.1 e 4.2 do livro texto. Em 4.1, use pelo menos duas moléculas di- ou tri-atômicas (exceto água) heteronucleares;
  • Mecânica molecular (Cap. 5):
  • Exploração de superfícies de energia (Cap. 7):
    • Seção 1.5 da minha tese de doutordado contém uma breve e genérica discussão sobre métodos de otimização de parâmetros;

2 Comments

  1. Olá. Tenho interesse em participar do curso, mas só vi hoje dia 17/4/17. É possível participar mesmo assim? Obrigada.

    • Guilherme Menegon Arantes

      Oi Gisele, obrigado pelo interesse. O curso já está na 7a semana, portanto vc já perdeu grande parte do conteúdo. Você também não conseguirá se matricular na disciplina. Mas, se ainda tiver interesse, podemos conversar pessoalmente a respeito. Procure-me na sala indicada acima.

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