Nosso grupo desenvolve e implementa algoritmos em programas para simulação molecular. Uma parte destas contribuições esta disponível para biblioteca pDynamo, um dos pacotes que utilizamos nas simulações de reatividade e catálise. Também desenvolvemos parametrizações para cálculo de estrutura eletrônica e para simulação de dinâmica molecular.
Segue uma lista de algumas de nossas contribuições, com instruções e exemplos de como utilizá-las. Entre em contato no caso de dúvidas:
- Tradução de topologias e geometrias do programa Gromacs para o pDynamo;
- Exemplo. Veja detalhes em pBabel/GromacsTopologyFileReader.py.
- Cálculos semiempíricos com orbitais-d e interação de configurações (CI) no pDynamo;
- Parâmetros semiempíricos para reações de transferência de fosfato;
- Parâmetros semiempíricos para reações de substituição por haletos;
- Parâmetros de mecânica molecular para quinonas naturais;
Veja alguns de nossos artigos que empregam o pDynamo e/ou onde desenvolvemos parametrizações:
- Ferric-thiolate bond dissociation studied with electronic structure calculations. Arantes GM e Field MJ, J. Phys. Chem. A, 119, 10084-10090, 2015;
- Partition, orientation and mobility of ubiquinones in a lipid bilayer. Galassi VV e Arantes GM, BBA Bioenergetics, 1847, 1560-1573, 2015;
- Homolytic cleavage of Fe-S bonds in rubredoxin under mechanical stress. Arantes GM, Bhattacharjee A, Field MJ, Angew. Chem. Int. Ed., 52, 8144-8146, 2013;
