Nosso grupo também desenvolve e implementa algoritmos em programas para simulação molecular. A maior parte destas contribuições esta disponível na biblioteca pDynamo, um dos pacotes que utilizamos nas simulações de reatividade e catálise.
Também desenvolvemos parametrizações para cálculo de estrutura eletrônica e para simulação de dinâmica molecular, como nos seguintes exemplos:
- Parâmetros semiempíricos para reações de transferência de fosfato;
- Parâmetros semiempíricos para reações de substituição por haletos;
- Parâmetros de mecânica molecular para quinonas naturais;
Veja alguns de nossos artigos que empregam o pDynamo e/ou onde desenvolvemos parametrizações:
- Redox-activated proton transfer through a redundant network in the Qo site of cytochrome bc1, Arantes GM, J. Chem. Inf. Model., 65, 2660, 2025;
- Highly dynamic polynuclear metal cluster revealed in a single metallothionein molecule, Yuan G, Curtolo F, Deng Y,Wu T, Tian F, Ma Q, Liu Y, Zuo J, Arantes GM, Zheng P. Research, vol. 2021, 9756945, 2021;
- Ferric-thiolate bond dissociation studied with electronic structure calculations. Arantes GM e Field MJ, J. Phys. Chem. A, 119, 10084-10090, 2015;
