Segue uma breve introdução teórica e prática, utilizando a biblioteca pDynamo:
- Vídeo-aula com a introdução teórica da metodologia híbrida QM/MM;
- Slides da vídeo-aula teórica;
- Instalação local da biblioteca pDynamo, versão 1.9.0: Depois de baixar este arquivo e descompactá-lo, vá ao diretório pDynamo-1.9.0/installation/ e siga as instruções em 00ReadMe.txt;
- Exemplos em notebooks Jupyter. Depois de baixar e descompactar, comece pelo índice:
- $ jupyter notebook QCMMexamples-pt/index.ipynb
- Bibliografia:
- Livro texto: A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, Martin J. Field, 2a. edição, 2007;
- Uma revisão sobre aplicações de QM/MM para enzimologia computacional: A computational perspective on enzymatic catalysis;
- Um artigo recente com aplicação de QM/MM para modelar reações em solução: Modelling the hydrolysis of iron-sulfur clusters;
