Programas científicos são diferentes de equipamentos de laboratório

pillarsInteressante postagem e artigo do Konrad Hinsen sobre reproducibilidade de pesquisa computacional. Sua discussão, um tanto epistemológica, atualiza a idéia bem disseminada que ciência é baseada em dois pilares, experimento e teoria. Hinsen prefere dizer que observações e modelos, são os verdadeiros pilares e, portanto, simulação computacional é apenas um experimento com modelos. Leia a postagem completa aqui.

Referências de métodos numéricos e estatísticos

Métodos e discussões sobre Álgebra (principalmente métodos numéricos) e Estatística estão muitas vezes espalhados em diferentes livros ou escondidos na literatura especializada. Nesta postagem vou tentar agrupar algumas boas referências:

  • Introdução didática sobre o procedimento de bootsrap usado para estimar erros padrão e intervalos de confiança; Críticas sobre esta metodologia.
  • Web-site com tutoriais, dicionários e explicações sobre diversos conceitos de estatística;
  • Singular-value decomposition (SVD). Método similar a análise espectral (autovetores), de crescente importância para redução de dimensionalidade e interpretação de dados multi-dimensionais. Por exemplo, é aplicado para justificar métodos de renormalização de grupo (como DMRG);
  • Uma das referências fundamentias sobre métodos numéricos é o livro Matrix Computations de Golub e van Loan. Tenho uma cópia se alguém tiver interesse.
  • Aprendizado de máquina (ML) pode ter muitas aplicações em modelagem molecular. Por exemplo, campos de força foram montados com ML aqui ou aqui. Quem quiser se aventurar, pode começar com esta biblioteca em Python, que também apresenta bons tutoriais sobre ML.

Course material

The pDynamo program, examples and many tutorials can be found on its website. All participants should download pDynamo-1.8.0 for the practical sessions.

The primary reference is the book by Martin J. Field,  A Practical Introduction to the Simulation of Molecular Systems, 2007 [Amazon UK, Amazon US, CUP]. Additional documentation is available on text and on the Wiki.

The following material may be also installed and consulted:

 
 

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