Referências de métodos numéricos e estatísticos

Métodos e discussões sobre Álgebra (principalmente métodos numéricos) e Estatística estão muitas vezes espalhados em diferentes livros ou escondidos na literatura especializada. Nesta postagem vou tentar agrupar algumas boas referências:

  • Introdução didática sobre o procedimento de bootsrap usado para estimar erros padrão e intervalos de confiança; Críticas sobre esta metodologia.
  • Web-site com tutoriais, dicionários e explicações sobre diversos conceitos de estatística;
  • Singular-value decomposition (SVD). Método similar a análise espectral (autovetores), de crescente importância para redução de dimensionalidade e interpretação de dados multi-dimensionais. Por exemplo, é aplicado para justificar métodos de renormalização de grupo (como DMRG);
  • Uma das referências fundamentias sobre métodos numéricos é o livro Matrix Computations de Golub e van Loan. Tenho uma cópia se alguém tiver interesse.
  • Aprendizado de máquina (ML) pode ter muitas aplicações em modelagem molecular. Por exemplo, campos de força foram montados com ML aqui ou aqui. Quem quiser se aventurar, pode começar com esta biblioteca em Python, que também apresenta bons tutoriais sobre ML.

Program

Full program with the list of instructors and speakers. Also access the course material (tutorials, exercises, examples, etc).

Day 1 – Thursday, 21/nov. Start at 9:00 AM:

1. Basic functionality of pDynamoMartin Field (IBS, France)

2. Constructing molecular models for simulation – Troy Wymore (ORNL, USA)

Practical session 1

3. Simulating macromolecules with classical force fields – Guilherme M. Arantes (USP, Brazil)

4. Overview of the graphical interface (GTK) – Fernando Bachega (USP, Brazil)

Practical session 2

Day 2 – Friday, 22/nov. Start at 9:00 AM:

5. Studying reactions with hybrid QC/MM potentials – Martin Field (IBS, France)

6. Simulating enzyme reactions with pDynamo – Troy Wymore (ORNL, USA)

Practical session 3

Poster session 1

7. Advanced topics and other codes:

a) From the physics of trajectories to simulation methods for slow events at multiple scales – Daniel Zuckerman (Pittsburgh, USA)

b) The pDynamo/ORCA interface – Ramon Crehuet  (IQAC, Spain) and Marius Retegan (MPI-CEC, Germany)

Practical session 4

 Day 3 – Saturday, 23/nov. Start at 10:00 AM:

Open practical session and general discussion

Poster session 2

Start 13:30: Scientific research symposium – Molecular Simulation:

Ramon Crehuet (IQAC, Spain) Calculating free energies along collective coordinates with QM/MM methods
Luis Rego (UFSC, Brazil) A computational method to study electron and energy transfer in supramolecular systems
Marius Retegan (MPI-CEC, Germany) QM/MM approaches for spectroscopic properties of biomolecules
Gerd Rocha (UFPB, Brazil) Quantum chemistry methods applied to model biomolecules
Daniel Zuckerman (Pittsburgh, USA) Tunable, mixed-resolution modeling with Library-based Monte Carlo

 
 

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