Author Archives: Guilherme Menegon Arantes

Qual o mecanismo de ação de proteínas anti-congelamento?

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Diversas proteínas são conhecidas desde os anos 1960 como inibidoras da formação de cristais de gelo em água. Suas estruturas terciárias são diferentes, assim como seus aparentes modos de ligação e até os organismos em que são encontrados. Então, fica a pergunta: qual(is) seu(s) mecanismo(s) microscópico(s) de ação? Acredito que esta fascinante pergunta pode ser atacada por uma combinação de simulação computacional, com amostragem aumentada para variáveis coletivas de nucleação, e teoria de formação de vidros.

Dados experimentais razoavelmente precisos estão disponíveis agora para uma série destas proteínas. Alguém se habilita a estudá-las?

 

  • Recente estudo sugere o mecanismo que solutos orgânicos flexíveis promovem o processo inverso, ou seja, a nucleação de gelo.
  • Desenho de proteínas anti-congelamento usando dinâmica molecular e redes neurais: Debenedetti 2018.

Mindwise – Nicholas Epley

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MindwiseAssim como o livro anterior que revisei, este é mais um texto na área de psicologia sugerido pela revista Science. Mas as semelhanças terminam aqui. Mindwise é sobre leitura da mente, intuição, ou como percebemos o que as outras pessoas pensam e sentem.  Não é um texto raso, não traz receitas prontas, muito menos trata de um tema paranormal. Leia mais

Mindware – Richard E. Nisbett

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MindwareDurante minha graduação questionava se existiam ferramentas cognitivas para melhorar o raciocínio e o aprendizado. Não me lembro de ter encontrado um manual com respostas diretas e acredito que tenha desenvolvido esquemas de pensamento internamente, a partir de inúmeras e variadas leituras. Leia mais

Puzzles da SuperInteressante

puzzle1Digitalizei e pretendo publicar aqui alguns antigos puzzles (jogos, charadas, etc) criados pelo Luiz Dal Monte Neto e publicados originalmente há mais de 20 anos na revista Superinteressante.
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Program

Full program with the list of instructors and speakers. Also access the course material (tutorials, exercises, examples, etc).

Day 1 – Thursday, 21/nov. Start at 9:00 AM:

1. Basic functionality of pDynamo – Martin Field (IBS, France)

2. Constructing molecular models for simulation – Troy Wymore (ORNL, USA)

Practical session 1

3. Simulating macromolecules with classical force fields – Guilherme M. Arantes (USP, Brazil)

4. Overview of the graphical interface (GTK) – Fernando Bachega (USP, Brazil)

Practical session 2

Day 2 – Friday, 22/nov. Start at 9:00 AM:

5. Studying reactions with hybrid QC/MM potentials – Martin Field (IBS, France)

6. Simulating enzyme reactions with pDynamo – Troy Wymore (ORNL, USA)

Practical session 3

Poster session 1

7. Advanced topics and other codes:

a) From the physics of trajectories to simulation methods for slow events at multiple scales – Daniel Zuckerman (Pittsburgh, USA)

b) The pDynamo/ORCA interface – Ramon Crehuet  (IQAC, Spain) and Marius Retegan (MPI-CEC, Germany)

Practical session 4

 Day 3 – Saturday, 23/nov. Start at 10:00 AM:

Open practical session and general discussion

Poster session 2

Start 13:30: Scientific research symposium – Molecular Simulation:

Ramon Crehuet (IQAC, Spain) Calculating free energies along collective coordinates with QM/MM methods
Luis Rego (UFSC, Brazil) A computational method to study electron and energy transfer in supramolecular systems
Marius Retegan (MPI-CEC, Germany) QM/MM approaches for spectroscopic properties of biomolecules
Gerd Rocha (UFPB, Brazil) Quantum chemistry methods applied to model biomolecules
Daniel Zuckerman (Pittsburgh, USA) Tunable, mixed-resolution modeling with Library-based Monte Carlo

 
 

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Delfim Netto e o trabalho

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Costumava ter um certo preconceito contra o Delfim. Não sei direito porque (como todo preconceito), provavelmente pelo seu cargo de ministro durante a ditadura. Porém, ultimamente, tenho apreciado seus textos semanais na Carta Capital. Nesta semana, ele escreveu uma frase genial, que condensa algo fundamental sobre o trabalho:

O homem, ao construir o mundo com seu trabalho, exerce uma pressão seletiva no sentido de aumentar a sua liberdade de expressão. Há uma evolução civilizatória e quase biológica que amplia o altruismo e a solidariedade social, exatamente porque a cooperação é mais produtiva e libera mais tempo para a expressão criativa do homem.

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Blogs jornalísticos

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A “grande” imprensa nacional, dos jornais, revistas e televisões, é conduzida por uma elite conservadora que omite notícias e manipula fatos. No entanto, uma possível saída rumo à informação progressista e engajada são os blogs jornalísticos. Nos últimos tempos, leio diariamente alguns dos sítios abaixo relacionados. Fique atento, cuidado com os “grandes” veículos de massa e procure manter-se realmente informado sobre nosso país. Leia mais

Além do Cidadao Kane

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Ótimo documentário produzido pela BBC inglesa em 1993 sobre as conexões da Rede Globo e a política brasileira nos 30 anos anteriores. O documentário está “proibido” aqui no Brasil desde então…

[youtube 049U7TjOjSA]

Um pouco de filosofia chinesa

O Tao dá vida a um
Um dá vida para dois
Dois dá vida para três
Três dá vida para todas as coisas

Todas as coisas têm suas costas para a fêmea
E ficam de frente para o macho
Quando macho e fêmea se combinam
Todas as coisas alcançam harmonia

Lao Tzu

Censura é uma lata na boca

Por Livio Tragtenberg, 28/Abril/2005

O recente episódio envolvendo certas “recomendações” contratuais que vetavam o uso de certos tipos de imagens pelos VJs num grande festival de música eletrônica em São Paulo expõe a situação real da atividade artística em nossos tempos.  Leia mais